在傳統水產養殖中，隨著魚類排泄物的積累，水體中的氨氮增加，毒性逐漸增加，在魚蔬菜共生系統中，養殖水被輸送到水培系統，水中的氨氮被微生物細菌分解為亞硝酸鹽和硝酸鹽堿，然后被植物吸收利用作為營養。

       由于水培和水產養殖技術是魚菜共生技術的基石，魚類蔬菜共生通過將不同模式的水培和水產養殖技術相結合，可以產生多種類型的系統。

       直接漂浮法利用泡沫板等漂浮體將蔬菜幼苗直接固定在漂浮種植板上進行水培，雖然這種方法簡單，但利用率不高，而且一些雜食魚類會有啃食根系的問題，需要用篩網保護根部，這樣比較麻煩，而且養殖面積小，效率不高，魚的密度也不應該太大。

       水產養殖排放的廢水先通過硝化濾床或過濾，一些生物量大的瓜果類植物可在硝化床上培養，加速有機濾料的分解和硝化，經過硝化床過濾的相對干凈的水作為營養液循環到水培蔬菜或霧培蔬菜生產系統中，蔬菜的根系吸收由水循環或噴霧提供，被蔬菜吸收后返回養殖池，形成封閉循環。